O Conselho Superior de Direção do Projeto – CSDP é organismo máximo de decisão na fase de execução. Cada país conta com representantes das áreas de recursos hídricos, meio ambiente e relações exteriores e deverá ser estruturado sobre as mesmas bases de funcionamento do Conselho Superior de Preparação do Projeto - CSPP.            

A Secretaria-Geral tem a função de coordenação regional, na fase da execução do projeto, da contratação de serviços de consultoria e elaboração de proposta de modelo de gestão para o aqüífero Guarani. Está diretamente vinculada ao CSDP, por intermédio da Organização dos Estados Americanos-OEA, agência executora internacional do projeto.

A equipe da Secretaria-Geral estará sediada em Montevidéu, no Uruguai, com uma equipe constituída por Luiz guarani (Secretário-Geral) e demais membros, em fase de seleção pelos países e organismos envolvidos no projeto. Além dos serviços de consultoria previstos, os trabalhos incluirão a participação de especialistas dos diversos organismos internacionais envolvidos no projeto.

 A Coordenação Nacional – CN/BR desempenha o papel de coordenação da Unidade Nacional de Execução do Projeto - UNEP/BR, e deverá apoiar o avanço dos processos técnicos, legais e institucionais da gestão do aqüífero Guarani e das águas subterrâneas no país. Desde a fase de negociação, transição da fase de preparação para a de execução, o projeto está sob a responsabilidade institucional da Agência Nacional de Águas - ANA. 

        A Unidade Nacional de Execução do Projeto - UNEP/Brasil desempenha o papel de articulação da sociedade civil com os organismos de governo, no âmbito estadual e federal. A UNEP/BR deverá ser estruturada com base na unidade da fase de preparação, que inclui os diversos órgãos do Governo Federal envolvidos na temática e participantes de cada um dos oito Estados da federação, podendo envolver secretarias de estado, representantes de universidades, associação técnico-científicas, organizações não-governamentais (ONGs) e organismos de bacias hidrográficas, perfazendo um total de 55 instituições representadas.

 As Unidades Estaduais de Execução do Projeto – UEEPs serão estruturadas pelos oito Estados de ocorrência do aqüífero no Brasil de forma a apoiar e ampliar a participação na UNEP/BR. Cabe aos Estados estruturar suas Unidades Estaduais de Execução do Projeto. Estão listadas abaixo as UEPPs e os órgãos estaduais de contado em cada um dos estados: 

Goiás – UEPP/GO: Agência de Meio Ambiente e Recursos Naturais;

Mato Grosso do Sul – UEPP/MS: Secretaria de Meio Ambiente;

Mato Grosso – UEPP/MT: Universidade Federal de Mato Grosso;

Minas Gerais – UEPP/MG: Instituto de Gestão das Águas;

Paraná – UEPP/PR: Secretaria de Planejamento;

Rio Grande do Sul – UEPP/RS: Secretaria de Meio Ambiente;

Santa Catarina – UEPP/SC: Secretaria de Habitação e Meio Ambiente;

São Paulo – UEPP/SP: Secretaria de Recursos Hídricos, Saneamento e Obras.